Na de bekendwording van de 95 stellingen ging er heel wat gebeuren in het toenmalige Duitsland. Luther had twee brieven met de stellingen gestuurd naar aartsbisschop Albrecht van Mainz en de bisschop van Maagdenburg, om daarmee te protesteren tegen aflaathandel van Tetzel. Toen daar geen reactie op kwam, stuurde hij de stellingen ook naar een aantal vrienden en geleerden. Buiten hem om werden de stellingen toen in verschillende steden gedrukt, in aanplakbiljetten en vlugschriften, die veel aftrek vonden. Door de zo juist uitgevonden boekdrukkunst konden ze op die manier heel snel in Duitsland verspreid worden. Uiteraard werden de stellingen toen in het Duits vertaald (ze waren eerst in het Latijn opgesteld). Tenslotte moet Luther ze op 31 oktober 1517 aan de deur van de slotkerk te Wittenberg bevestigd hebben, om daarmee een dispuut op gang te brengen. Die datum is niet helemaal zeker, maar ligt wel voor de hand, omdat het de dag is vóór Allerheiligen. En op die dag werd er in Wittenberg al jaren lang een groot aflaatfeest gehouden, waarin de slotkerk met al zijn relikwieën centraal stond. Keurvorst Frederik van Saksen deed er alles aan om dit feest te promoten, omdat hij de inkomsten daarvan goed kon gebruiken voor zijn pas gestichte universiteit.
Toen er overal veel ophef kwam over de stellingen, besloot Luther een verhandeling te schrijven om een en ander nog nader uit te leggen: “Sermoen over de aflaat en de genade” (1518). Toen is de strijd pas goed begonnen. De geestelijkheid wilde Luther aanklagen in Rome, maar de Augustijner orde waartoe Luther behoorde besloot tot een discussie op het convent van de orde in dat jaar in Heidelberg. Veel geleerden heeft hij daar van zijn standpunt weten te overtuigen. Op aanraden van de vicaris van zijn orde, Johannes von Staupitz, zend Luther een nadere uiteenzetting van zijn stellingen aan de Paus, de zogenaamde “Resolutiones”. Daar worden de stellingen als “ketters” verworpen en Luther wordt ontboden om binnen 60 dagen in Rome te verschijnen. Ook kardinaal Cajetanus, die vicaris van de Paus was op de Rijksdag (soort parlement) te Augsburg, ging zich er mee bemoeien. En de keurvorst van Saksen, die op goede voet wenste te staan met de Paus, omdat hij deze nodig had bij de ophanden zijnde keizerverkiezing. Zo werd Luther betrokken in een politiek spel! Gelukkig vond de keurvorst, die een oprecht Christen was, dat Luther maar beter niet naar Rome moest gaan. Hij schreef dienaangaande een brief naar de Paus, met het voorstel Luther in Augsburg te verhoren. Zo werd uiteindelijk besloten, dat Luther niet naar Rome hoefde, maar zijn zaak mocht verdedigen in Augsburg. Cajetanus zou hem daar verhoren. Dat gebeurde van 12 tot 14 oktober 1518. Luther hield stand en wilde zijn mening beslist niet herzien. Hij beschuldigde zelfs de rechters, dat zij slecht geïnformeerd waren. Hij kon daarna nog net op ’t nippertje uit Augsburg wegvluchten. Weer aangekomen in Wittenberg bleef Cajetanus hem achtervolgen, teneinde hem uitgeleverd te krijgen naar Rome. Gelukkig ging de keurvorst overstag en besloot hij daaraan niet mee te werken. Eerst moesten geleerden maar eens bewijzen, dat Luther een ketter was, zo zei hij.
Op 12 januari 1519 sterft keizer Maximiliaan. Er moest een nieuwe keizer gekozen worden, wat veel voeten in de aarde had. Op 28 juni valt de beslissing ten gunste van Karel V, de kleinzoon van Maximiliaan. Ondertussen vond er in Leipzig een dispuut plaats tussen prof. Andreas Karlstadt, een Wittenberger collega van Luther, en prof. Johannes Eck uit Ingolstadt, een pauselijk theoloog. Ook Luther is daarbij aanwezig. Zij spraken over het gezag van de paus, die de bevoegdheid had aflaten in te stellen. Karlstadt was niet opgewassen tegen de slimme Eck, waardoor Luther zelf moest ingrijpen. Eck haalde het concilie van Konstanz aan, waarop Johannes Hus, de reformator uit Tsjechië, was veroordeeld. Luther vond dat heel onterecht, omdat Hus goede Bijbelse standpunten had. Zo kwam het gesprek op het gezag van de Bijbel, en die stelde Luther boven het gezag van de paus. In dat jaar, 1520, zagen nog verschillende geschriften van Luther het licht. Zoals “Sermoen van de goede werken” en “An den Christlichen Adels deuyscher Nation von des Christlichen Standes Besserung”. Luther pleit daarin voor een “vrij” concilie, georganiseerd door de overheid en niet meer door de geestelijkheid. Hij ging hiervoor uit van het “algemeen priesterschap van de gelovigen”, waardoor ook de overheid zeggenschap had over geestelijke zaken. Luther verdiepte zich steeds meer en meer in de grondteksten van de Bijbel, Hebreeuws en Grieks, waarmee hij ook veel humanisten (zoals Erasmus en Melanchton) op zijn hand kreeg.
Toen vaardigde de paus de bul “Exsurge domine” uit, waarmee Luther in de kerkelijke ban werd gedaan (15 juni 1520), tenzij hij zich binnen 60 dagen van zijn dwaalweg bekeerde en zich onderwierp aan het pauselijke gezag. Luther antwoordde met het geschrift “Aan de Christelijke adel der Duitse natie”. De keizer koos nu ook partij en veroordeelde de leer van Luther als ketterij. Luthers boeken werden in Leuven en Leuk in ’t openbaar verbrand. Hierop antwoordde Luther met “over de Babylonische gevangenschap” en hij liet de pauselijke bul officieel verbranden. Bovendien gaf hij een nieuw verweerschrift uit: “Over de vrijheid van een Christenmens”. Hij roept daarmee de keizer, vorsten en steden op om zich bij hem aan te sluiten.
In het begin van 1521 zal de rijksdag in Worms plaatsvinden. Luther heeft het voornemen daarheen te gaan om zijn zaak te verdedigen. Veel van zijn vrienden vreesden het ergste, maar Luther bleef onvermurwbaar. Op 3 januari kwam er een nieuw bul uit Rome: “decet romanus pontifex”, waarmee opnieuw de banvloek over Luther werd uitgesproken. Toen even later de rijksdag werd geopend, werd direct de vraag gesteld of het zinnig was Luther naar de rijksdag op te roepen. De geestelijkheid was hier fel tegen, maar de Stände (adel en steden) waren voor, zodat de keizer de knoop doorhakte en Luther uitnodigde.
Op 16 april rijdt Luther de stad binnen. Direct daarna werd hij gehoord. Al gauw bleek, dat het niet ging om hoor en wederhoor, maar uitsluitend om de vraag of Luther wilde herroepen. Dat weigert hij. Beroemd zijn de woorden: “Hier sta ik, ik kan niet anders”.
Toen viel ook het burgerlijke doek voor Luther. De keizer tekent de rijksban. Luther was toen vogelvrij, maar vrienden ontvoerden hem naar de Wartburg bij Eisenach, waar hij een jaar lang verbleef als Jonker Jörg en het Nieuwe Testament in het Duits heeft vertaald.