In Zwitserland was ook een reformatorische beweging op gang gekomen, rondom Ulrich Zwingli in Zürich en Johannes Oekolompadus in Basel. Zij raakten in conflict met Luther over de betekenis van de inzettingswoorden van het Heilig Avondmaal. “Dit is mijn lichaam, dit is mijn bloed”. Hoe moeten we dat verstaan? Zwingli denkt, dat het symbolische betekenis heeft. “Dit is” moeten we dan verstaan als “Dit betekent”. Zwingli had vanuit zijn humanistische achtergrond moeite met het “mysterie” van brood en wijn, dat lichaam en bloed van Christus zou zijn. Het was voor hem verstandelijk niet te rijmen, dat Christus overal lijfelijk tegenwoordig zou zijn, waar het Avondmaal werd gevierd. Hij ging liever uit van een tweedeling tussen lichaam en geest, zoals Plato dat vroeger had geleerd. In de geest was Christus dus bij het Avondmaal aanwezig, maar niet lichamelijk. Zijn lichaam is in de hemel!
Luther verwijt Zwingli, dat hij beide naturen van Christus uit elkaar haalt en meer met zijn verstand te werk gaat dan te luisteren naar de Schrift. Er zijn zo veel wonderen, die we niet kunnen begrijpen, zegt hij. Bovendien, juist omdat Christus in de hemel is opgenomen, kan Hij overal hier op aarde aanwezig zijn.
Luther hecht erg aan het “vleesgeworden Woord”, dat God neergedaald is “in het vlees” en mens geworden is. Lichamelijkheid is Bijbels. Bij Zwingli, die meer georiënteerd is op het Griekse denken, is lichamelijkheid menselijk, van de tweede orde, en zeker niet goddelijk. Daarin ligt een groot verschil tussen de beide Hervormers.
Luther heeft Zwingli één maal in zijn leven ontmoet, in 1529 op de Marburg. Hij kwam tot de conclusie: “Er hat einen anderen Geist!” Als Christus niet Zelf bij het Avondmaal aanwezig is, wat heeft het dan voor zin? Het wordt dan een soort herinneringsmaaltijd voor de Gemeente. Maar bij Luther is het sacrament: Christus geeft ZICH Zelf en Hij is de Gastheer, de Gemeenteleden zijn de genodigden, die gevoed worden.